本发明属于肥料技术领域，公开了一种基于有机废料的有机无机长效水稻专用肥的制备方法，利用氨基酸下游产品、火电厂鸡粪草木灰、腐殖酸、生物炭、微生物菌剂制备掺混料A；将尿素进行聚氨酯和热熔胶分层包膜，得预混料B；将预混料A与预混料B按比例根据不同的地区土壤养分状况和产量要求进行掺混，形成为不同比例的有机无机长效水稻专用复混肥料。本发明将酸性的氨基酸下游产品同碱性的鸡粪草木灰进行混合，对酸碱进行中和，同时利用氨基酸的酸性将草木灰中的枸溶性磷转化一部分成水溶性磷，提高磷的利用效率，加入腐殖酸或生物炭可以对肥料中的中微量元素有一定的络合作用，提高肥料中养分的利用率。